الكائنات الحية الدقيقة ذات أهمية كبيرة للأغذية للأسباب التالية: (1) الكائنات الحية الدقيقة يمكن أن تسبب تلف الأغذية ، (2) تستخدم الكائنات الحية الدقيقة لتصنيع مجموعة واسعة من المنتجات الغذائية ، و (3) الأمراض الميكروبية يمكن أن تنتقل عن طريق الأطعمة. يمكن اعتبار الأطعمة وسيلة للنمو الميكروبي. وبالنظر إلى المجموعة الواسعة من المصادر والمواد والطرق التي يتم بها إنتاج الغذاء ، فإن كل نوع من أنواع الميكروبات هو عمليا ملوث محتمل. مع إعطاء فرصة للنمو ، ستنتج الميكروبات تغيرات في المظهر والنكهة والرائحة وغير ذلك من صفات الطعام. تختلف التغييرات وفقًا لنوع الطعام المتحلل ولكن يمكن تلخيصها من خلال فحص مصائر العناصر الغذائية الرئيسية الموجودة في الطعام: البروتينات والكربوهيدرات والدهون. الأطعمة التي تحتوي على البروتين ، وخاصة اللحوم ، تتعفن من قبل الكائنات الحية (على سبيل المثال ، Proteus و Pseudomonas و Clostridium) التي تكسر سلاسل الببتيد الطويلة من البروتينات إلى أحماض أمينية ومركبات ذات رائحة كريهة مثل الأمينات والأمونيا وكبريتيد الهيدروجين ( H2S). يتم تخمير الكربوهيدرات (السكريات والنشويات) إلى أحماض (على سبيل المثال ، حمض الأسيتيك في الخل) والكحول والغازات ، خاصة ثاني أكسيد الكربون. هذه العملية مسؤولة عن انفجار حلوى الشوكولاتة المدللة من الخمائر. الأطعمة التي تحتوي على الدهون مثل منتجات الألبان تفسدها الميكروبات التي تحلل الدهون إلى أحماض دهنية وجلسرين. الحليب الزنكي ، الذي يمكن أن تسببه البكتيريا أو الخميرة أو العفن ، هو مثال على هذه العملية.