يشير مصطلح الهندسة الوراثية في البداية إلى تقنيات مختلفة مستخدمة لتعديل أو معالجة الكائنات الحية من خلال عمليات الوراثة والتكاثر. على هذا النحو ، فإن المصطلح احتضن كلاً من الانتقاء الاصطناعي وجميع تدخلات التقنيات الطبية الحيوية ، من بينها التلقيح الاصطناعي ، والتخصيب في المختبر (على سبيل المثال ، أطفال "أنبوب الاختبار") ، والاستنساخ ، والتلاعب الجيني. ومع ذلك ، في الجزء الأخير من القرن العشرين ، جاء المصطلح للإشارة بشكل أكثر تحديدًا إلى طرق تقنية الحمض النووي المؤتلف (أو استنساخ الجينات) ، حيث يتم دمج جزيئات الحمض النووي من مصدرين أو أكثر إما داخل الخلايا أو في المختبر ثم يتم إدخالها في الكائنات الحية المضيفة بحيث تكون قادرة على التكاثر فيها. ظهرت إمكانية تكنولوجيا الحمض النووي المؤتلف مع اكتشاف إنزيمات التقييد في عام 1968 بواسطة عالم الأحياء الدقيقة السويسري فيرنر آربر. في العام التالي ، قام عالم الأحياء الدقيقة الأمريكي هاملتون أو.سميث بتنقية ما يسمى بالإنزيمات المقيدة من النوع الثاني ، والتي وُجد أنها ضرورية للهندسة الوراثية لقدرتها على شق موقع معين داخل الحمض النووي (على عكس إنزيمات التقييد من النوع الأول ، والتي تشق الحمض النووي) في مواقع عشوائية). بالاعتماد على عمل سميث ، ساعد عالم الأحياء الجزيئية الأمريكي دانيال ناثانز في تطوير تقنية إعادة تركيب الحمض النووي في 1970–71 وأثبت أن إنزيمات النوع الثاني يمكن أن تكون مفيدة في الدراسات الجينية. بدأ علماء الكيمياء الحيوية الأمريكيون ستانلي إن كوهين وهربرت دبليو بوير الهندسة الوراثية القائمة على إعادة التركيب في عام 1973 ، وكانوا من أوائل من قطعوا الحمض النووي إلى أجزاء ، وأعادوا الانضمام إلى أجزاء مختلفة ، وأدخلوا الجينات الجديدة في بكتيريا الإشريكية القولونية ، والتي كانت بعد ذلك مستنسخة.